Le masters program des études bouddiques soutriques et tantriques de la FPMT est une vision unique de Lama Thoubtèn Yéshé, initialement implémentée et développée vers le curriculum actuel par Guéshé Djampa Gyatso. En tant que programme d'études à temps plein avec des composantes intégrées de pratique et de formation, il a pour but de fournir une plus grande profondeur d'étude aux étudiants sérieux de la tradition de Lama Tsong Khapa, et il permet de former des enseignants qualifiés de la théorie et pratique bouddhiste. A Nalanda, le programme consiste en 7 ans d'études des 5 grands textes, avec une intégration de composantes de formation et de service, ainsi qu'une année de retraite méditative.